आयुर्वेद चिकित्सा वैदिक कालदेखि शास्वत रुपमा चल्दै आएको चिकित्सा हो । वि. सं. २०२४ मा यस कार्यालय गण्डकी अञ्चल आयुर्वेद औषधालयको रुपमा वेगनासमा स्थापना भएको थियो । त्यस पछि वि. सं. २०५८ मा आयुर्वेद विभागबाट जिल्लामा रहेका साधारण औषधालयहरुको आर्थिक कारोबार जिल्लास्तरीय कार्यालयबाट गर्ने निर्णय भए अनुसार सदरमुकाम बाहिर रहेका जिल्लास्तरीय कार्यालयहरु जिल्ला सदरमुकाम ल्याउने नीति अनुसार लेखनाथ ३ अर्घौमा रहेको लेखनाथ आयुर्वेद औषधालयको भवनमा स्थानान्तरण गरि यहाँ स्थित औषधालयलाई वेगनास आयुर्वेद औषधालयको रुपमा वेगनासमा स्थानान्तरण गारिएको थियो । यसपछि निरन्तर रुपमा यस कार्यालय संचालनमा रहेको छ । देशको संघिय संरचना अनुसार यस कार्यालय प्रदेश अन्तर्गत रही गण्डकी प्रदेश सरकारको २०८१ मंगसिर १२ को निर्णय अनुसार गण्डकी आयुर्वेद अस्पतालको नाम भएको छ । यस कार्यालयले स्थापना देखिनै आयुर्वेद चिकित्सा सेवा दिदैं आइरहेको छ ।